株式会社テクノスルガ・ラボ 菌叢解析のデータ解析を受託「アンプリコンシーケンスデータ解析」
- 最終更新日：2022-03-03 11:46:59.0
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【概要】
解析方法については、2種類の解析ソフトウェア（Metagenome@KINおよびQIIME2）から選択可能です。
〇Metagenome@KINによる解析
・細菌・アーキアの16S rDNAは、RDP（Ribosomal database project）と微生物同定データベースの2種類で解析
・微生物同定データベースは、BLASTのcut-of f条件を相同率97％からご指定の値に変更可能
・3検体以上の場合は、クラスター分析および主成分分析まで実施
〇QIIME2による解析
・Amplicon Sequence Variant (ASV) 法により、相同率の高い近縁種同士の識別が可能
・学術論文で求められる二次解析 (多様性解析や統計解析の機能) が充実
【受入可能なデータ】
次世代シーケンサーによるシーケンスデータ（fastqファイル）
腸内細菌叢、皮膚細菌叢、口腔内細菌叢、土壌、活性汚泥など、様々な検体から得られたシーケンスデータを解析できます。
その他統計分析ソフトRによるデータ解析やPICRUSt2による予測メタゲノム解析も受託します。
基本情報菌叢解析のデータ解析を受託「アンプリコンシーケンスデータ解析」
【仕 様】
〇Metagenome@KINによる解析
・解析データベース RDP（細菌、菌類）
テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」（細菌のみ）
・推定可能な分類階級 RDP：界～属、微生物同定データベース：界～種
・解析ソフトウェア Metagenome@KIN
〇QIIME2による解析
・解析データベース 細菌・アーキア：Greengenes database、真菌：UNITE
・推定可能な分類階級 界～種
・解析ソフトウェア QIIME2
【報告内容】
〇Metagenome@KINによる解析
・ドーナツグラフ、検体間比較グラフ、クラスター分析、主成分分析
〇QIIME2による解析
一次解析
・菌叢解析 (バーチャート)
二次解析
・α多様性解析および統計解析、β多様性解析および統計解析、2D主座標プロット描画、ヒートマップ・クラスター分析
Ward法により、門～種レベルのヒートマップ・クラスタリングを行います。（形式 qzvファイル）
| 価格情報 |
〇Metagenome@KIN ・RDPもしくは微生物同定データベースどちらか一方 検体数1～5 4,400円/検体 検体数6～ 2,200円/検体 ・RDP＋微生物同定データベース 検体数1～5 6,600円/検体 検体数6～ 3300円/検体 〇QIIME2 ・一次解析 検体数3～5 6,600円／検体 検体数6～ 3,300円／検体 ・一次解析～二次解析 検体数3～5 14,300円／検体 検体数6～ 7,700円／検体 納期はお問い合わせください |
|---|---|
| 価格帯 | ~ 1万円 |
| 納期 |
お問い合わせください
※数量によって納期が変動しますので、お気軽にお問い合わせください。 |
| 用途／実績例 | ・腸内細菌叢解析 ・真菌叢解析 ・機能性食品摂取前後の腸内細菌叢の群間比較 ・特定疾患における腸内細菌叢の群間比較 ・土壌中の微生物叢の解析 |
カタログ菌叢解析のデータ解析を受託「アンプリコンシーケンスデータ解析」
取扱企業菌叢解析のデータ解析を受託「アンプリコンシーケンスデータ解析」
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