【次世代シーケンス解析事例】生菌微生物群集構造解析ファスマック

EMAを用いた手法は生菌群集を解析することが可能であることを示した事例のご紹介！※解析事例集進呈中

選択的膜透過性色素EMAを用いた群集構造解析(自社データ)をご紹介します。

大腸菌が優占した環境サンプルについて、熱処理して殺菌したサンプルと
処理しないサンプルを調整し、EMA処理を行いました。その後、各サンプルに
対してDNA抽出を行い、16Sr RNA遺伝子アンプリコン解析を実施。

その結果、群集構造解析では優占化した大腸菌が死滅したことによって
熱処理したサンプルでは大腸菌はほとんど検出されませんでした。

この他、関連リンクでは、RNAからの逆転写cDNAによる群集構造解析
(自社データ)もご紹介しているので、ぜひご覧ください。

【ワークフロー】
■環境サンプル(熱処理、未処理)を用意
■EMA処理
■光照射
■DNA抽出
■EMA-PCRによるアダプターライブラリーの作成

※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

関連リンク - http://fasmac.co.jp/ngs_viable_bacteria_sample

基本情報【次世代シーケンス解析事例】生菌微生物群集構造解析

【結果】
■EMA処理をしていないサンプルに関してはライブラリーのDNA濃度及び群集構造、
　両方の結果に差異が見られなかった
■一方でEMA処理したサンプルについては熱処理をしたサンプルのライブラリー濃度は
　PCR増幅が阻害され濃度は低い
■群集構造解析では優占化した大腸菌が死滅したことによって熱処理したサンプルでは
　大腸菌はほとんど検出されなかった
■EMAによってDNAが不活性化されPCRの増幅が阻害されたことが予想される

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